Без всяких курсов чистил шеллы на сайтах wordpress с помощью AI Bolit - он показывает все странное, а дальше уже те, кто знает состав вордпресса, сами видят, какие файлы в отчете можно пропустить, а какие перепроверить.
Кстати, для вордпресса отличный плагин - Wordfence. Он сравнивает установленные темы и плагины с их версиями на сайте вордпресса и если находит отличия, сразу сообщает.